Nach diversen Stationen in Süddeutschland, darunter der des Co-Trainers von Markus Babbel beim VfB Stuttgart, wird Zorniger am 3. Juli 2012 Cheftrainer bei RB Leipzig. Er folgt dem Österreicher Peter Pacult nach, dem der neue Sportdirektor Ralf Rangnick kündigt. Zorniger steigt in seinem ersten Jahr mit den Leipzigern 2013 in die 3. Liga und 2014 in die 2. Bundesliga auf.
Im Rennen um die Aufstiegsplätze zur Bundesliga verliert Leipzig in der Rückrunde 2015 in der Tabelle den Kontakt zu den Aufstiegsplätzen. In einem Interview lässt er verlautbaren, dass er „nicht aufsteigen müsse.“ Zorniger ist ein Anhänger des Offensivfußballs und lässt seine Teams ungerne verteidigen. Damit hat er bei Ralf Rangnick keine Chance auf Erfolg.
Denn der will aufsteigen – sofort. Zorniger weigert sich, sein Spielsystem umzustellen. Darauf kündigt der Verein an, sich zum Saisonende von ihm zu trennen.
Zorniger tritt am 11. Februar 2015 vorzeitig selbst zurück. Die Offensive gewinnt Spiele, die Defensive gewinnt Titel – heißt es.